Ответ:
Если объединение произойдет в сделку, которая уже была сопоставлена с записью в Кронос, синхронизация продолжится корректно. Однако, если объединение произойдет в сделку, которая не была сопоставлена, синхронизация поломается.
В этом случае нужно вручную открепить старую сопоставленную сделку в Кронос и прикрепить новую.
Если обе сделки были сопоставлены с записями, то у одной из записей останется связь с удаленной сделкой, что приведет к нарушению синхронизации. Запись в Кронос сохранится, но сделка как бы "исчезнет", и ее нужно будет пересвязывать вручную.
Это похоже на случай, когда сделка удаляется, а запись в Кронос остается.